JR各社は、1社に対して複数の労働組合を抱え、労働協約を締結している。ここでは、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR九州の労働組合を一覧で掲載する。
なお、一覧は全て各社の報告によるものであり、JR東日本、JR東海、JR西日本は2022年4月1日時点、JR九州は2022年3月31日時点のものである。
東日本旅客鉄道（JR東日本）の労働組合 一覧
| 名称 | 組合員数 | 上部団体 |
| 東日本旅客鉄道労働組合（ＪＲ東労組） | 3721 | 全日本鉄道労働組合総連合会（ＪＲ総連） |
| ＪＲ東日本輸送サービス労働組合（ＪＴＳＵ－Ｅ） | 2281 | 日本輸送サービス労働組合連合会（ＪＴＳＵ） |
| 国鉄労働組合東日本本部（国労東日本） | 799 | 国鉄労働組合（国労） |
| ＪＲ東日本労働組合（東日本ユニオン） | 527 | |
| ＪＲ東労働組合（ＪＲひがし労） | 335 | |
| ＪＲ東日本新鉄道労働組合（新鉄労組） | 118 | |
| ＪＲ東日本新潟労働組合（ＪＲ新潟労組） | 40 | |
| ジェイアール・イーストユニオン（ＪＲＥユニオン） | 37 | 日本鉄道労働組合連合会（ＪＲ連合） |
| 国鉄動力車労働組合総連合（動労総連合） | 24 | |
| 全日本建設交運一般労働組合全国鉄道東日本本部 （建交労鉄道東日本本部） | 5 | 全日本建設交運一般労働組合（建交労） |
| 鉄道産業労働組合（鉄産労） | 3 | |
| 動力車労働組合（動労） | 2 |
【 関連記事 】
JR東日本の子会社と関連会社 一覧
ＪＲ東、東海、西、九州の社長、出身大学（学歴）と経歴
東海旅客鉄道（JR東海）の労働組合 一覧
| 名称 | 組合員数 | 上部団体 |
| 東海旅客鉄道労働組合（ＪＲ東海ユニオン） | 19209 | 日本鉄道労働組合連合会（ＪＲ連合） |
| 国鉄労働組合東海本部（国労東海） | 327 | 国鉄労働組合（国労） |
| ジェイアール東海労働組合（ＪＲ東海労） | 176 | 全日本鉄道労働組合総連合会（ＪＲ総連） |
| 全日本建設交運一般労働組合東海鉄道本部（建交労東海） | 3 | 全日本建設交運一般労働組合（建交労） |
※関連記事：JR東海の子会社と関連会社 一覧
西日本旅客鉄道（JR西日本）の労働組合 一覧
| 名称 | 組合員数 | 上部団体 |
| 西日本旅客鉄道労働組合（JR西労組） | 22243 | 日本鉄道労働組合連合会 |
| 国鉄労働組合西日本本部（国労西日本） | 258 | 国鉄労働組合 |
| ジェーアール西日本労働組合（JR西労） | 249 | 全日本鉄道労働組合総連合会 |
| 全日本建設交運一般労働組合西日本鉄道本部（建交労西日本鉄道本部） | 12 | 全日本建設交運一般労働組合 |
| 国鉄西日本動力車労働組合（動労西日本） | 2 | 国鉄動力車労働組合総連合会 |
※関連記事：JR西日本の子会社と関連会社 一覧
九州旅客鉄道（JR九州）の労働組合 一覧
| 名称 | 組合員数 | 上部団体 |
| 九州旅客鉄道労働組合（ＪＲ九州労組） | 5926 | 日本鉄道労働組合連合会（ＪＲ連合） |
| ジェイアール九州ユニオン（ＪＲ九州ユニオン） | 214 | |
| 国鉄労働組合九州本部（国労九州本部） | 137 | 国鉄労働組合（国労） |
【 関連記事 】
労働組合がない大企業、上場企業 一覧
連合と全労連、全労協の組合員数の違い