日本電子グループは、日本電子と子会社29社、関連会社3社で構成される（2022年3月時点）。※子会社と関連会社の違いはコチラ
日本電子の子会社
日本電子の子会社は次の通り。議決権の（ ）内は間接所有割合で内数。
| 連結子会社 | 議決権（%） |
| 日本電子テクノサービス㈱ | 100.0 |
| 日本電子山形㈱ | 100.0 |
| 日本電子インスツルメンツ㈱ | 100.0 |
| ㈱JEOL RESONANCE | 100.0 |
| JEOL USA,INC. | 100.0 |
| JEOL（EUROPE）SAS | 100.0 |
| JEOL（U.K.）LTD | 100.0 |
| JEOL（EUROPE）B.V. | 100.0 |
| JEOL（GERMANY）GmbH | 100.0 |
| JEOL ASIA PTE.LTD. | 100.0 |
| JEOL TAIWAN SEMICONDUCTORS LTD. | 100.0 |
| JEOL（AUSTRALASIA）PTY. LTD. | 100.0 |
| JEOL DE MEXICO S.A.DE C.V. | 100.0（100.0） |
| JEOL CANADA,INC. | 100.0（100.0） |
| JEOL（Nordic）AB | 100.0（100.0） |
| JEOL（ITALIA）S.p.A. | 100.0（100.0） |
| JEOL Shanghai Semiconductors Ltd. | 100.0 |
| JEOL SEMICONDUCTORS KOREA Co.,Ltd. | 100.0 |
| JEOL KOREA LTD. | 100.0（60.0） |
| INTEGRATED DYNAMIC ELECTRON SOLUTIONS,INC. | 100.0 |
日本電子の関連会社
日本電子の関連会社は次の通り。
| 持分法適用関連会社 | 議決権（%） |
| ㈱CeSPIA | 39.0 |
その他 2社